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Collections
Au 19ème siècle, des ossements d’animaux et des silex taillés ont été collectés dans les alluvions de la Seine et dans les carrières exploitées pour la réalisation des grands travaux parisiens. Certains de ces vestiges sont conservés au musée.
Le massif de Fontainebleau, riche en sites du Paléolithique récent (de - 40 000 à - 9 000), et en particulier le massif des Beauregards, devient un lieu de prédilection pour les chercheurs dès le 19ème siècle. Edmond Doigneau y effectue ses premières recherches à partir de 1867.
Durant l’entre-deux-guerres, l’abbé André Nouel, Raoul Daniel et Édouard Soudan y entreprennent de nouvelles fouilles, reprises après 1950 par André Cheynier, Edmond Vignard et Raymond Delarue. Une grande part du mobilier archéologique découvert lors de ces fouilles a été remis au musée lors de sa création.
De nombreux dépôts et dons ont enrichi le musée, dont les collections de l’abbé Joseph Marois, de Jules Poullain, d'Eugène Thoison, d'Étienne Patte, de Charles Durand et d'Alphonse Vallot.
Le musée a poursuivi sa politique d’acquisition de collections anciennes avec, notamment, l’achat d’une partie de la collection Paul Fitte et de la collection Émile Évrard, riche d'objets en bronze.